12 Aralık 1821’de Rouen’de doğdu. Yazmaya okul çağlarında başladı. Erken yaşta genç düşünür Alfred Le Poittevin’le yakın dostluk kurup onun karamsar düşüncelerinin etkisi altında kaldı. Babasının mesleği dolayısıyla tanıdığı büyük cerrahlar, bulunduğu hastanelerde Flaubert’ın üzerinde büyük etki bıraktı. Kasım 1841’de başladığı hukuk eğitimini bir sinir rahatsızlığı yüzünden yarım bırakmak zorunda kaldı. Temmuz 1846’da Şair Louise Colet’le tanıştı ve birlikte yaşamaya başladılar ama 1855’te ayrıldılar.
Dostu yazar Maxime du Camp’la tuttukları gezi notları ölümünden sonra Parles champs et par les grèves (Kırlarda ve Kumsallarda) adıyla yayımlandı. Olgunluk döneminde, daha önce yazdığı konuları yeniden ele aldı. En ünlü romanı Madam Bovary’yi yazarken kaynağı karısının kendisini aldatması üzerine yıkılan ve kederinden ölen Normandiyalı bir taşra hekimiydi. Bir başka kaynaksa heykelci James Pradier’ın karısının başından geçenler ve talihsiz yaşam öyküsüydü. Yine de Madam Bovary’yi yaratırken kimi örnek aldığı sorulduğunda Flaubert, “Madam Bovary benim” diye yanıt vermiştir. Beş yıl süren zorlu bir çalışmaya malolan Madam Bovary katı bir nesnellikle burjuvazinin ruhsuz ve sıkıcı dünyasından çizdiği portrelerle edebiyatta yeni bir çağın başlangıcını gösteriyordu. Ardından Antik Kartaca’yı konu alan Salammbô (1862; Salambo) çıktı. 1870’te yayımlanan Bir Delikanlının Hikâyesi’nin değeri anlaşılmayınca Flaubert düş kırıklığına uğradı. Oyunları da başarısız olunca yaşamının son yılları maddi sıkıntılarla geçti. George Sand, Ivan Turgenyev, Emile Zola, Guy de Maupassant’la kurduğu dostluklarla kendini avuttu. Uzun romanı Bouvard ile Pecuchet’ye ara vererek Trois Contes’yu (1887: Üç Hikâye) yazdı. Yeteneklerini bütün yönüyle ortaya koyan bu kitap başyapıtı kabul edilir.
Fransız edebiyatında gerçekçiliği başlatan kişi olarak kabul edilen Flaubert, 1880’de Rouen’de ansızın gelen bir inme sonucu ölmüştür.
Yazarın Oğlak'taki Kitapları